在中央，军政与军令两项大权，分别由兵部和大都督府执掌。洪武十三年，大都督府与丞相府一同被取消，代之以五军都督府，各军都督府之下，有各省的若干都指挥使司。五军都督府即：左军都督府，掌管浙江、辽东和山东;右军都督府，掌管云南、贵州、四川、陕西与广西;中军都督府，管辖中都和河南;前军都督府，管辖湖广、福建、江西与广东;后军都督府，执掌北平、山西和大宁。各军都督府最高长官为左右都督，都是正一品，下设都督同知，都督佥事若干人。都督同知从一品，都督佥事正二品。这些人都驻京师，分驻各省的都指挥使司，设正二品都指挥使，下设从二品指挥同知以及正三品指挥佥事。

洪武年间，地方既没巡抚，也没总督，都指挥使成为地方最高军事负责人，都指挥使的衙门及其辖区，均称为"都指挥使司"与承宣布政使司、提刑按察使司并称三司，分管一省的军政、民政和监察。

明朝有"军民分籍"制度，军籍中有世袭兵和世袭军官，卫世官有九等，指挥使、指挥同知、指挥佥事、卫镇抚。正千户、副千户、百户、试百户、所镇抚。这些世官，按照明军民分籍制度，是一种没有封地而有禄田、没有人民而有部队的贵族。都指挥使不是世袭的，但只有属于"指挥使"一级的世官，或者中武举的人才有资格被任命为"都指挥使"。某一个指挥使被任命为"都指挥使"或更大的官，仍旧保存他的指挥使世职，因为"都指挥使"等头衔和权力是不能世袭或终生做下去。原则上，都指挥使为流官，五年一任。流官有八等，都指挥使之上，有左右都督、都督同知、都督佥事。之下有指挥同知、指挥佥事、正留守、副留守。

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